Планы испольования вычислительного кластера ЦКП «Биоинформатика»

Гунбин К.В.
Задачи

  1. Анализ режимов эволюции белков методом SAMEM – поиск корреляции с геологическими периодами.
  2. Анализ режимов эволюции GTF2I доменов методом SAMEM
  3. Пермутационный тест определяющий наиболее часто встречаемые функции и места экспрессии генов
  4. Анализ режимов эволюции генов Wolbachia методом SAMEM
  5. Перспективная работа по бактериальным белкам fpg и nei (на конец 2012)

Планируемые результаты и публикации
  1. BMC Evol Biol Deep inside into Vertebrates and Invertebrates macroevolution: the molecular evolution modes of strict orthologous protein sequences. Gunbin K.V., Suslov V.V., Afonnikov D.A. (3 квартал 2012) BMC Bioinformatics/In silico Biol PEFF DB: database of protein evolutional and functional features. Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. (3-4 квартал 2012) Работа по ГК-ам Минобрнауки - сдача программ и РИД + Подача авторских свидетельств на регистрацию SAMEM и PEFF DB
  2. J. Mol Evol: Molecular evolution of GTF2I protein domains: the computer assisted study. Gunbin K.V., Ruvinsky A.O. (1 квартал 2012)
  3. ДАН: Важная роль изменений микрорнк в эволюции Нomo neanderthalensis и Нomo denisova Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. (1 квартал 2012) BMC Evol Biol: Расширенная статья по результатам ДАН с тем же составом авторов
  4. Генетика/Молекулярная биология: Популяционная генетика и эволюция Wolbachia в контексте взаимодействия паразит – хозяин. (предварительное название) Илинский Ю.Ю., Гунбин К.В., Афонников Д.А., Захаров И.К. (3-4 квартал 2012)

Медведев К.Е.
Задачи
 сравнение молекулярной динамики белков глубоководных организмов (2 белка * 2 температуры * 8 давлений)
Планируемые результаты и публикации
 Публикация в J Biomol Struct Dynam Март 2012

Афонников Д.А.
Задачи
 Поиск микро-РНК в геноме О.felineus
Планируемые результаты и публикации
 Публикации BMC Genomics, PLoS Neglected and tropical diseases (с группой Мордвинова В.А. и Васильевым Г.) Март –апрель 2012

аспирант Помазной М.Ю.
Задачи
 Аннотация генома и транскриптома описторха
Планируемые результаты и публикации
 BMC Genomics, PLoS Neglected and tropical diseases. Июль 2012

Генаев М.А., студент Преслер
Задачи
 Анализ транскриптома A.thaliana полученного по технологии SOLiD
Планируемые результаты и публикации
 Публикации BMC Genomics (с Мироновой В.В. и Васильевым Г.В.) декабрь 2012

Афонников Д.А.
Задачи
 Анализ молекулярной эволюции гемагглютинина и нейраминидазы вируса гриппа
Планируемые результаты и публикации
 Публикации BMC Evol Biol Октябрь 2012