Планы испольования вычислительного кластера ЦКП «Биоинформатика»

Иванисенко В.А. Деменков П.С.
Задачи

  1. Функциональная аннотация белков метапротеом. Программы: BLAST, HHSearch, Modeller, PDBSiteScan
  2. Классификация белков протеом организмов по сходству третичной структуры. Программы: PDB3dScan
  3. Предсказания функциональных сайтов в пространственных структурах белков протеомов организмов. Программы: PDBSiteScan
  4. Поиск потенциальных лекарств и фармакологических мишеней методами молекулярного докинга.
  5. Поиск молекулярных мишеней для нового потенциального психотропного препарата гидрохлорида 8-(трифторметил)-1,2,3,4,5-бензопентатиепин-6-амина

Планируемые результаты и публикации
  1. BMC Bioinformatics. Брагин А.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Метод анализа перекрестной реактивности белков с использованием конформационных пептидов.
  2. BMC Bioinformatics Брагин А.О.,Деменков П.С., Иванисенко В.А. Анализ аллергенных свойств белков Schistosoma mansoni.
  3. NAR Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. PDBSite database on protein functional sites.

Медведева И.В.
Задачи

  1. Поиск последовательностей экзонов во вновь секвенированных геномах.
  2. Пространственное выравнивания фрагментов известных структур PDB между собой.

Планируемые результаты и публикации
  1. Математическая биология и биоинформатика. Медведева И. В., Деменков П. С., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. SitEx: компьютерная система для анализа соотношения структуры функциональных сайтов белков и структуры кодирующего гена. февраль 2012
  2. Gene. Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В.А., Рогозин И., Колчанов Н.А. Анализ особенностей кодирования функциональных сайтов белков в генах эукариот. июнь-июль 2012.