Планы испольования вычислительного кластера ЦКП «Биоинформатика»

Лашин С.А.
Задачи

  1. Моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программы «Гаплоидный эволюционный конструктор»
  2. Моделирование эволюции популяций диплоидных многоклеточных организмов с помощью программы «Диплоидный эволюционный конструктор»

Планируемые результаты и публикации
  1. Описание закономерностей между эволюцией генных сетей отдельных организмов и эволюцией популяций и сообществ, сформированных этими организмами.
  2. Описание закономерностей эволюционного появления положительных и отрицательных обратных связей в генных сетях.
  3. BMC Evol biol / BMC Systems biol Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В. Opposite functioning of gene networks in silico and in vivo: possible reasons (сентябрь 2012).
  4. Journal of theoretical biology Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В. Effects of in-/-outbreeding on evolution of gene networks contours (вторая половина 2012).

Казанцев Ф.В. Акбердин И.Р., Миронова В.В., Новоселова Е.С.
Задачи

  1. Исследование распределения гормона ауксина в корне A.thaliana методами математического моделирования.
  2. Анализ чувствительности мат. модели метаболизма пиримидинов в E.Coli.
  3. Моделирование биосинтеза гормона ауксина в клетке растения.
  4. Разработка менеджера управления задачами моделирования на кластере.

Планируемые результаты и публикации
  1. Annals of botany, Mironova V.V., Novoselova E.S., Doroshkov A.V., Kazantsev F.V., Omelyanchuk N.A., Kochetov A.V., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance.
  2. Вестник НГУ Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.В. Миронова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай Язык спецификации моделей молекулярно-генетических систем SiBML
  3. Вычислительные технологии Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.В. Миронова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай Компьютерная система поддержки вычислительного эксперимента по моделированию молекулярно-генетических систем.
  4. Вавиловский журнал генетики и селекции. Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Исследование распределения ауксина в протососудистых тканях корня A.thaliana. Отсылаем в редакцию в мае.
  5. PLOS Computational biology. Mironova V.V., Novoselova E.S., Doroshkov A.V., Kazantsev F.V., Omelyanchuk N.A., Kochetov A.V., Mjolsness E., Likhoshvai V.A., Kolchanov NA. Reverse problem for auxin distribution in the root apical meristems using DR5::GFP and DII::VENUS auxin responsive reporters. Отсылаем в редакцию в ноябре.

Николаев С.В.
Задачи
 Клеточно-ориентированное моделирование процессов роста и развития биологической ткани
Планируемые результаты и публикации
 журнал: Development S. Nikolaev, K. Golushko, U. Zubairova, A. Trubuil, J.-C. Palauqui, ... Growth biomechanics of Arabidopsis embryo based on 3D images.

Титов И.И.
Задачи
 Исследование динамики генных сетей в рамках синхронной булевской модели.
Планируемые результаты и публикации
 «Вавиловский вестник (ВОГиС)»