Планы испольования вычислительного кластера ЦКП «Биоинформатика»

Орлов Ю.Л.
Задачи

  1. Анализ перекрывающихся данных по модификациям хроматина и сайтам связывания транскрипционных факторов (ChIP-seq) в геноме человека.
  2. Анализ частот олигонуклеотидов в ССТФ – совместная работа с Индийским партнером Ч.Митра
  3. Исследования экспрессии генов на микрочипах в геноме крысы

Планируемые результаты и публикации
  1. Публикация в трудах конференции IB-2012
  2. Публикация в Journal of Bioinformatics and Computational biology (конец 2012 г. после BGRS\SB-2012)
  3. Программа для сдачи по госконтрактам Минобрнауки РФ (ГК 07.514.11.4003 и ГК 16.513.11.3107)

Иванисенко В.А., Деменков П.С., Орлов Ю.Л.
Задачи
 Метагеномное ассемблирование фрагментов ДНК из разных микроорганизмов на платформе SOLiD.
Планируемые результаты и публикации
 Существенный элемент работы по госконтрактам

Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г.
Задачи

  1. задача уточнения предсказания сайтов связывания транскрипционных факторов по ChIP-seq (доступные данные, FOXA)
  2. задача исследования нуклеосомного потенциала

Планируемые результаты и публикации
 Публикация в Journal of Bioinformatics and Computational biology (конец 2012 г. после BGRS\SB-2012)

Вишневский О.В.
Задачи

  1. Выявление функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот и эукариот.
  2. Распознавание регуляторных районов коэкпресирующихся генов эукариот.

Планируемые результаты и публикации
  1. Вестник НГУ. Вишневский О.В., Бочарников А., Романенко А. Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов млекопитающих.
  2. BMC Bioinformatics. Vishnevsky O.V. Analysis of functional signals in regulatory regions