Планы испольования вычислительного кластера ЦКП «Биоинформатика»

Воробьев Ю.Н.
Задачи
 Исследование влияния мутаций на свойства ферментов репарации ДНК.
Планируемые результаты и публикации
 Адаптация программного комплекса AMBER11 на вычислительных системах СКЦ. Моделирование статистических свойств мутантных форм ферментов репарации методом молекулярной динамики.

Фомин Э.С. Алемасов Н.А.
Задачи

  1. Исследование производительности алгоритмов молекулярной динамики на компьютерном кластере. Для выполнения Госконтракта 07.514.11.4011 требуется продемонстрировать работу разрабатываемого приложения при полной загрузке кластера и выполнить .
  2. Расчеты термостабильности белков при разных мутациях Оценка связывания ингибиторов с вирусными белками.

Планируемые результаты и публикации
  1. "Биофизика", Выявление наиболее стабильных мутантов белков на основе компьютерного исследования их термостабильности, май 2012.
  2. "Биофизика" Анализ связывания ингибиторов протеазы NS3/4A вируса гепатита C человека с помощью новых моделей, основывающихся на методе молекулярной динамики, декабрь 2012.

Чекмарев С. Ф. Калгин И. В.
Задачи

  1. Моделирование процесса укладки beta3s минибелка: Кинетическая сеть и «гидродинамические» потоки укладки в 3D пространстве коллективных переменных
  2. Турбулентность потоков укладки beta3s минибелка

Планируемые результаты и публикации
  1. Представление статьи в Journal of Physical Chemistry B (май 2012)
  2. Возможно представление результатов к публикации к концу 2012г.