|
Таблица представляет поля описания в базе данных, включая символ гена, координаты в геноме крысы
Rattus norvegicus, описание функции, связь с другими базами данных (перекрестные ссылки), описание
выбранных олигонуклеотидов для ДНК-чипа. Была использована аннотация геномы крысы rn4 (rn4, последний
релиз UCSC Genome Browser, ноябрь 2004),
собранный групой Atlas База данных содержит зарезервированные поля для расширения данными экспериментов, которые будут выполняться на следующих этапах работ (ссылки на пробы Affymetrix GeneChip, данные экспрессии по экспериментам на тканях ретины). Были использованы кодирующие последовательности генов, маскированные на наличие геномных повторов и расположенные с 3’ конца гена, чтобы детектировать полноразмерный транскрипт. Данная таблица служит основой разработки собственного ДНК-чипа. Нуклеотидные последовательности генов были экстрагированы из базы данных UCSC Genome Browser из генома крысы (релиз rt4). Были выделены только экзоны, интроны не использовались. Олигонуклеотиды были выделены исключая интроны генов с помощью программы Vector NTI Suite. Параметр температура плавления был установлен Tm = 58-65 градусов. Размер зонда был выбран в 60 нуклеотидов. Программы Vector NTI Suite компании InforMax предназначена для дизайна проб для ДНК-чипов при возможности варьирования параметров экспериментальных условий. Предлагаемые методы поиска генов включают процессинг данных экспрессии генов на микрочипах в тканях сетчатки глаз и ретины, опубликованные в литературе. Анализ баз данных и литературных источников позволил установить несколько списков генов, дифференциально экспрессирующихся в сетчатке глаза. Гены были отобраны по литературным данным, представленным в базах данных GEO NСBI (GEO Profiles) (Home - GEO DataSets - NCBI) и OMIM. При сравнении данных OMIM по генам человека и генам крысы использовалось соответствие идентификаторов – символ гена (например HIF1A у человека и Hif1a у крысы). В публикациях, описывающих эксперименты, использовались платформы микрочипов Affymetrix и Illumina. Использовались следующие публикации, содержащие данные по экспрессии генов в тканях крысы
[Schmidt et al., 2011; Yoshida et al., 2002; Miller et al., 2005] Дифференциальная экспрессия генов была выполнена как представлено авторами публикаций. Списки дифференциально экспрессирующихся генов были объединены в единую базу данных. Использоваись также данные БД Retinobase [Kalathur et al., 2008]. Вариант описания генов кандидатов, включая идентификаторы, функции и хромосомную локализациб в геноме крысы, представлен в таблице. |