Интересно отметить присутствие категорий связанных с оксидативным стрессом (Hypoxia response), передачей
сигнала FGF (FGF signaling pathway), а также метаболическими путями белков, вовлеченных в болезнь Альцгеймера
и болезнь Паркинсона, развивающимися с возрастом. Таким образом, категории генных онтологий для генов,
отобранных по данным экспрессии на микрочипах в геноме крысы, подтверждают литературные данные об ассоциациях
с заболеваниями старения.
Набор 108 генов был протестирован на предмет выявления регуляторнх и белок-белковых взаимодействий по базе данных
SPRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) (http://string-db.org/). Было выявлено большой
число взаимодействий между белками исследуемой группы, реконструирована генная сеть. Выявлено несколько узлов сети
(не менее 4-х контактов); такими узлами являются Bcl2, Bаx, Timp3, Nos3, Hif1a, Igfr1, Fgdr2, Epas1, Usp3.
Интересно отметить, что многие из этих генов человека относятся по базе данных к генам связанным с заболеваниями
старения по базе данных наследственности человека OMIM.
Так, BCL2 (B-cell Cell/Lymphoma 2)– это известный онкоген, HIF1A (Hypoxia-Inducible Factor 1, Alpha subunit) –
фактор ответа на гипоксию (недостаток кислорода), Igfr1 (Insulin-Like Growth Factor I Receptor) также является
онкогеном.
Сеть молекулярных (белок-белковых) взаимодействий генов крысы, отобранных для ДНК-чипа.
Реконструкция по базе данных STRING.
На рисунке показаны только взаимодействующие гены из 108 генов крысы. 37 объектов образуют единую сеть
(клику графа). Еще 17 генов имеют хотя бы один контакт с хотя бы одним другим из исследуемого набора,
таким образом, 50% генов вовлечены в контакты. Сила взаимодействия (число источников, включающих протеомные
и экспрессионные данные) показана толщиной стрелки.